L'articolo 20 del Regolamento 1836/93 1 ne prevedeva la revisione a cinque anni dalla sua entrata in vigore, pertanto la Commissione UE ha avviato, sin dal 1997, una serie di iniziative per la definizione di un nuovo testo (EMAS II). I primi elementi di valutazione sono scaturiti da uno studio, finanziato dalla Commissione, finalizzato alla verifica della situazione sull’applicazione di EMAS nella UE 2. La consultazione dei soggetti interessati ha poi consentito di ampliare tale valutazione attraverso l'acquisizione diretta di esperienze sulle difficoltà incontrate e sulle aspettative delle varie categorie rappresentate. 
Il testo di EMAS II, proposto dalla Commissione, ha subito una serie di emendamenti da parte del Parlamento. Il nuovo Regolamento, che porta il N. 761/01del 19 marzo del 2001, è stato pubblicato sulla Gazzetta Ufficiale dell’Unione Europea N. L 114 del 24aprile 2001.
A partire dal 27 aprile, data di entrata in vigore di EMAS II, viene abrogato il Regolamento 1836/93. Il Regolamento 1836/93 era applicabile per il solo settore industriale manifatturiero anche se, all'ar-ticolo14, era stabilito che, a livello nazionale, si potesse estendere lo schema comunitario in via sperimentale a tutti i settori di attività con impatto am-bientale. Quasi la totalità degli stati membri ha colto questa opportunità attivando le procedure interne che hanno consentito di soddisfare la domanda proveniente dai settori delle attività economiche più sensibili alle problematiche ambientali. La stessa Commissione ha finanziato progetti pilota per verificare l’effettivo interesse in alcuni dei settori non industriali; sono stati oggetto di sperimentazione, tra gli altri, i trasporti, il turismo, i servizi municipalizzati, la scuola, il commercio, la forestazione, l’agricoltura e le autorità locali. I progetti pilota hanno dimostrato che esiste una domanda per EMAS da parte di organizzazioni che hanno un impatto ambientale diretto ed indiretto e che i sistemi di gestione ambientale sono applicabili a tutti i settori in quanto parte ed integrazione di sistemi di gestione esistenti (es. qualità, sicurezza, ecc.).
EMAS I è basato principalmente sul concetto di sito e sulla gestione degli aspetti ambientali diretti e, di conseguenza, si è determinata finora l’impossibilità di ridurre la pressione ambientale lungo la catena di approvvigionamento (fornitori,servizi, ecc.). La decisione di inserire, nel nuovo re-golamento,l'applicabilità dello stesso a tutte le attività economiche con aspetti ambientali diretti ed indiretti ha ottenuto, pertanto, un consenso unanime. Il Regolamento 1836/93 richiedeva alle imprese un sistema di gestione ambientale conforme ai con tenuti dell'Allegato I del Regolamento stesso. Durante i primi anni di applicazione, si è molto dibattuto sulle possibili interazioni fra il Regolamento e lo standard ISO 14001, strumento che, pur se successivo alla data di approvazione di EMAS, veniva affermandosi rapidamente per la grande confidenza del mondo industriale nei confronti di strumenti analoghi di gestione quale quello introdotto dalle ISO 9000 nel campo della qualità. Le valutazioni ed i confronti tra i due sistemi hanno portato, nel 1997, ad un formale riconoscimento da parte della Commissione della validità dell’ ISO 14001. Nel provvedimento preso dalla Commissione, tuttavia, venivano evidenziate le principali differenze esistenti fra i due strumenti ed evidenziato che EMAS riveste un ruolo di eccellenza nella gestione dell'ambiente sia per i contenuti specifici, sia per l'aspetto comunicativo della dichiarazione ambientale.
In EMAS II, è stato dato ufficialmente il riconoscimento alla ISO 14001. I contenuti della clausola sono ritenuti sufficienti per l’attuazione del sistema di gestione ambientale. L'integrazione di EMAS II con la norma ISO 14001 rappresenta una occasione per ottenere un consenso più ampio da parte delle imprese che potranno utilizzare la certificazione ISO 14001 come tappa intermedia verso la registrazione EMAS oppure conseguire contemporaneamente le due "certificazioni" evitando duplicazioni in termini di documentazione e di verifiche esterne. 
La partecipazione attiva dei dipendenti è un elemento chiave per una corretta attuazione di EMAS. Questa prassi, già implicitamente contenuta nel1836/93, è stata ritenuta essenziale da tutti i soggetti che hanno partecipato alla revisione del Regolamento ed è stato rafforzato diventando uno dei punti di forza del nuovo testo del Regolamento. L’introduzione di questa disposizione nell’articolo 1, concernente gli obiettivi, garantisce che i dipendenti, e quindi le organizzazioni associative che li rappresentano, potranno avere un ruolo maggiormente partecipativo sia nella fase attuativa che nella fase operativa.
La carenza di incentivi è forse una delle cause che hanno finora determinato il parziale insuccesso di EMAS. Le richieste, pervenute dal mondo produttivo, in particolare le PMI, hanno riguardato per lo più aspetti di tipo amministrativo quali i "Regulatory Benefits". La razionalizzazione dei controlli e non la loro eliminazione, l'adozione di corsie preferenziali in fase autorizzativa e non l'abolizione delle autorizzazioni, sono stati alcuni dei punti di discussione e di contrasto fra le parti interessate (con evidenti interessi contrapposti) all'interno del Comitato art. 19 nella fase di elaborazione del testo di EMAS II. La Commissione, riconoscendo la necessità di rafforzare il concetto di uso di EMAS come strumento valido di prevenzione, ma non potendo interferire direttamente nei confronti degli Stati membri, non ha potuto fare altro che invitare gli stessi (articolo 10) a tenere conto della registrazione EMAS sia in fase di attuazione che in fase di esecuzione di provvedimenti di legislazione ambientale. Per quanto riguarda in particolare le PMI, è stata riconosciuta la necessità di una loro maggiore partecipazione ad EMAS vista la rilevanza delle attività produttive svolte da questa categoria nell'interno del territorio dell'Unione.
Va notato comunque che se le PMI registrano difficoltà specifiche dovute alla mancanza di risorse finanziarie, tecniche ed umane, i risultati delle ricerche indicano che i sistemi ISO ed EMAS non presentano caratteristiche intrinseche tali da limitarne la partecipazione.
Il nuovo regolamento, pertanto, indica all'artico-lo 11 la necessità che la Commissione e gli Stati membri promuovano la partecipazione delle organizzazioni ed, in particolare, delle PMI indicando le seguenti modalità:

facilitazione all'accesso alle informazioni ed ai fondi di sostegno esistenti;
sviluppo e promozione di misure di assistenza tecnica;
registrazione EMAS come elemento di valutazione nella definizione dei criteri e delle politiche degli appalti pubblici nazionali e della Commissione;
considerazioni specifiche per realtà territoriali nelle quali insistono le attività di numerose PMI concentrate in aree geografiche ben definite (aree e distretti).

Per conseguire un maggiore riconoscimento della partecipazione ad EMAS, le imprese registrate nel sistema hanno proposto l’adozione di un logo visibile da utilizzare nella dichiarazione ambientale, nei documenti e nella pubblicità dell'impresa. Raccogliendo questa esigenza, la Commissione ha proposto l'inserimento di un apposito articolo con riferimento al logo ed al suo utilizzo. Il logo di figura dovrà necessariamente essere corredato di un testo che riporti i concetti di "Informazione convalidata" o di "Sistema di gestione ambientale verificato. 
Il Regolamento EMAS II, infine, fissa in un periodo non superiore a 36 mesi la frequenza di verifica degli elementi necessari per la registrazione EMAS mentre le convalide degli aggiornamenti apportati alla dichiarazione ambientale, a parte qualche eccezione concernente soprattutto le micro imprese, devono essere convalidati con frequenza annuale.

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